Kamień węgielny pod pierwszy kościół we Wleniu położono w 1215 roku a jego otwarcie nastąpiło wiosną 1217 r. Kościół powstał z fundacji księżnej Jadwigi i księcia Henryka Brodatego a konsekrowany był przez biskupa Wawrzyńca z Wrocławia.

Patronem ogłoszono św. Mikołaja, orędownika kupców, rybaków i dobroczyńców. Jego dzieje są tak burzliwe jak losy miasta. Na przełomie wieków, był wielokrotnie niszczony i przebudowywany. W obecnym kształcie budowla pochodzi z II połowy XIX wieku, a wieża ma rodowód XV- wieczny. Ciekawostką jest, iż w kościelnej wieży i na strychu zamieszkuje jedna z największych w Polsce, kolonia nietoperza – „nocka dużego”.